专利申请权纠纷与专利权归属纠纷虽然有相似之处。但它们是两类不同的专利纠纷。其主要区别表现在以下几个方面：1.争议发生的时间不同：专利申请权纠纷发生在专利申请之前，或者专利申请后，授予专利权之前；而专利权归属纠纷则发生在授予专利权之后。2.争议的发明创造所处的法律状态不同：专利申请权纠纷争议的发明创造正处在专利申请或者审批过程中；面专利权归属纠纷争议的发明创造已经获得专利权。3.争议的焦点不同：专利申请权纠纷争议的是谁有权申请专利。谁是该发明创造的发明人或者设计人：而专利权归属纠紛争议的则是对已经批准的专利权应当归谁所有，即谁是真正的专利权人。4.纠纷包含的内容不同：一般说来，在授予专利权后，有些专利申请权纠纷可以转为专利权归属纠纷，即两类纠纷包含的内容有相融的部分，但也不尽然。如专利申请权纠纷中的关于谁是发明创造的发明人或者设计人的争议，在授予专利权后也不能转为专利权归属纠纷。5.处理结果不同：专利申请权纠纷解决后，专利局只需在专利申请文件中对申请人或发明人、设计大作出变更，审查便可以继缕进行：专利权归属纠纷解决后，专利局将依据专利管理机关的调处决定或人民法院的判决，按照专利法实施细则第81条的规定，在专利公报上公告专利权人的姓名或名称、地址的变更。