A错误，建设用地使用权可以在土地的地表、地上或者地下分别设立。
B错误，设立建设用地使用权的，应当向登记机构申请建设用地使用权登记。建设用地使用权自登记时设立。登记机构应当向建设用地使用权人发放建设用地使用权证书。
C错误，住宅建设用地使用权期间届满的，自动续期。
D正确，集体所有的土地作为建设用地的，应当依照土地管理的法律规定办理。
E正确，设立建设用地使用权，可以采取出让或者划拨等方式。