术后一般仍宜服用治疗子宫内膜异位症的药物，以防止肉眼未能检出的病灶或囊液污染腹腔引起新的播散和种植病灶的产生。子宫内膜异位症术后药物治疗应抑制雌激素合成，使异位子宫内膜萎缩。(I)促性腺激素释放激素激动剂(GnRH-α):与GnRH受体亲和力强，长期连续应用可使垂体GnRH受体耗尽，而对垂体产生降调节作用，垂体分泌促性腺激素减少，导致卵巢激素水平明显下降，出现暂时闭经。此疗法又称“药物性卵巢切除”。常用药物有亮丙瑞林和戈舍瑞林。(2)达那唑：能抑制FSH、LH峰，抑制卵巢甾体激素的分泌，并直接与子宫内膜的雄激素和孕激素受体结合，抑制内膜细胞增生，导致子宫内膜萎缩，短暂闭经，称为假绝经疗法。(3)雌激素加孕激素或单纯高效孕激素：使患者产生类似妊娠的闭经，称为假孕疗法。(4)其他：包括孕三烯酮、他莫昔芬（三苯氧胺)、米非司酮和口服避孕药。