脂肪酸氧化的方式有β-氧化和特殊氧化方式。特殊氧化方式有：丙酸氧化、α-氧化、ω-氧化、不饱和脂肪酸氧化。脂酰CoA的转移：脂肪酸活化是在胞液中进行的，而催化脂肪酸氧化的酶系又存在于线粒体基质内，故活化的脂酰CoA必须先进入线粒体才能氧化，脂酰CoA进入线粒体基质后，在脂肪酸β-氧化酶系催化下，进行脱氢、加水，再脱氢及硫解4步连续反应，最后使脂酰基断裂生成一分子乙酰CoA和一分子比原来少了两个碳原子的脂酰CoA。因反应均在脂酰CoA烃链的α、β碳原子间进行，最后β碳被氧化成酰基，故称为β氧化。