(1)D项正确：中年男性，发热5天于9月16日入院（钩端螺旋体病的高发季节）。体温维持在39℃以上，伴寒战，全身乏力，明显头痛（钩端螺旋体病的早期临床表现）。近2天出现腹泻，每日3~5次，水样便。既往体健。查体：T39.5℃（正常值36~37℃），P102次/分（正常值60~100次分），R22次/分（正常值12~20次/分），BP135/78mmHg（正常值小于120/80mmHg），结膜充血，巩膜轻度黄染，咽红，腹股沟淋巴结轻度肿大，有压痛，质软，心肺未见异常腹软，压痛及反跳痛（-），肝肋下触及边缘，有触痛，脾肋下未触及，腓肠肌压痛明显（钩端螺旋体病的特征性表现），双侧Babinski（-）。实验室检查：血WBC10.4×109/L（正常值4~10×109/L），中性粒细胞0.80（正常值0.5~0.75），淋巴细胞0.20（正常值0.2~0.4）。ALT210U/L（正常值5~40U/L），TBil40μmol/L（正常值3.4~17.1μmol/L），尿蛋白（+）。结合患者病史、体征、临床表现、实验室检査，应诊断为钩端螺旋体病，引起本病的病原是钩端螺旋体。故正确答案为D。(2)C项正确：结合患者病史、体征、临床表现、实验室检查，应诊断为钩端螺旋体病。故正确答案为C。