乙酰乙酰辅酶A是脂肪酸β氧化和酮体生成的共同中间产物。脂肪酸β氧化的最后阶段所产生的含有4个碳的β酮脂酰CoA即是乙酰乙酰辅酶A。在酮体生成过程中，2分子乙酰CoA在乙酰乙酰辅酶A硫解酶催化下，也可生成乙酰乙酰辅酶A,乙酰乙酰辅酶A进一步生成羟甲基戊二酸单酰CoA(HMG CoA),然后裂解后生成酮体。乙酰乙酸和β-羟丁酸是酮体的主要成分。