一个PCT专利申请要经历国际阶段和国家阶段。国际申请先要进行国际阶段程序的审查，然后进入国家阶段程序审查。申请的提出、国际检索和国际初步审查在国际阶段完成，是否授予专利权的工作在国家阶段由被指定的各个国家局完成。
进入国家阶段的程序不是自动发生的，必须由申请人来启动。申请人必须在自优先权日30个月（在某些国家可能是20个月）内办理进入指定国（或选定国）国家阶段的手续：缴纳国家费用，递交翻译成该国语言的国际申请的译文。有些国家的国家法规定进入国家阶段的期限晚于30个月（或20个月）。进入国家阶段的期限是必须遵守的，即使国际初步审查报告尚未得到。在国际阶段中没有在自优先权日起十九个月内要求国际初步审查的国际申请，其进入国家阶段（指定局）的期限是自优先权日起20个月；在自优先权日起十九个月内提出国际初步审查要求的国际申请。