选项A：狂犬病毒在中枢神经系统细胞增殖时，在细胞质中可形成嗜酸性包涵体，即内基小体（Negri小体），这是狂犬病毒感染的特征性病变，具有诊断价值，故A正确。
选项B：人乳头瘤病毒（HPV）主要引起人类皮肤黏膜的增生性病变，如尖锐湿疣、宫颈癌等，一般不会形成内基小体，故B错误。
选项C：丁型肝炎病毒（HDV）是一种缺陷病毒，需在乙肝病毒（HBV）辅助下才能复制，主要引起肝脏病变，与内基小体无关，故C错误。
选项D：乙肝病毒（HBV）主要侵犯肝脏，引起乙型肝炎，其感染相关的病理变化主要在肝脏，不存在内基小体，故D错误。
选项E：汉坦病毒主要引起肾综合征出血热，以发热、出血、肾损害为主要临床表现，不会在细胞内形成内基小体，故E错误。