患者有十二指肠溃疡，胃黏膜活检标本接种于巧克力培养基，37℃需氧培养3天长出菌落，为革兰阴性杆菌，尿素酶阳性。幽门螺杆菌是革兰阴性螺旋形杆菌，微需氧，生长缓慢，在巧克力培养基上可生长，且具有很强的尿素酶活性，符合这些特征。空肠弯曲菌虽也是革兰阴性杆菌，但空肠弯曲菌是微需氧菌，在含5%O₂、10%CO₂和85%N₂的环境中生长良好，且与十二指肠溃疡关系不如幽门螺杆菌密切；副溶血弧菌是嗜盐菌，主要引起食物中毒等；流感嗜血杆菌是需氧菌或兼性厌氧菌，主要引起呼吸道等感染；胎儿弯曲菌主要引起肠道外感染等，所以该菌最有可能是幽门螺杆菌，答案为D。