结核分枝杆菌的致病物质主要是脂质，如索状因子能破坏细胞线粒体膜，影响细胞呼吸，抑制白细胞游走和引起慢性肉芽肿；磷脂能促使单核细胞增生，并使炎症灶中的巨噬细胞转变为类上皮细胞，从而形成结核结节；硫酸脑苷脂可抑制吞噬细胞中吞噬体与溶酶体的结合，使结核分枝杆菌能在吞噬细胞中长期存活等，D选项正确。荚膜也与致病有关，但不是主要致病物质，A选项不准确；结核分枝杆菌不产生外毒素，B选项错误；蛋白质中的结核菌素和蜡质D结合后能使机体发生超敏反应，但不是主要致病物质，C选项不准确；代谢性酶不是其主要致病物质，E选项错误。