气相色谱可对厌氧菌代谢产生的挥发性脂肪酸等代谢产物进行分析，不同的厌氧菌产生的代谢产物种类和含量不同，通过检测代谢产物可以鉴定厌氧菌。检测核酸一般用核酸扩增等技术；检测抗原物质常用免疫方法；检测酶类有特定的酶活性检测方法；检测蛋白质常用蛋白电泳等技术。