吉姆萨染色法常用于检查衣原体，衣原体经吉姆萨染色后可在光学显微镜下观察到其形态，原体呈紫红色，始体呈蓝色。棉蓝染色法常用于真菌染色；革兰染色法主要用于细菌的分类和鉴定；镀银染色法常用于螺旋体等的染色；墨汁染色法常用于新型隐球菌的染色。所以检查衣原体常用吉姆萨染色法，答案选D。