淋球菌感染（A选项）：淋球菌是革兰阴性双球菌，而题干中涂片革兰染色未见革兰阴性双球菌，故可排除。沙眼衣原体感染（B选项）：新生儿通过产道时易感染沙眼衣原体引起结膜炎，眼结膜刮片可见多核白细胞增多，碘染色可发现包涵体，符合题干描述。梅毒螺旋体感染（C选项）：梅毒螺旋体主要引起梅毒，一般不会表现为新生儿单纯的化脓性结膜炎。先病毒感染（D选项）：题干中未提及相关病毒感染的特征表现，且与描述不符。肠道病毒感染（E选项）：肠道病毒主要引起肠道相关疾病或一些其他综合征，很少引起新生儿化脓性结膜炎。