天然宿主仅为人类（A选项）：沙眼衣原体的天然宿主除了人类，还有鼠等动物。传染来源为人-人，鼠-人，鼠-鼠（B选项）：沙眼衣原体主要传染来源为人-人，而非鼠-人，鼠-鼠不是主要传播方式。包涵体内不含糖原，碘液染色呈阴性（C选项）：沙眼衣原体包涵体内含糖原，碘液染色呈阳性。原体中有质粒DNA（D选项）：原体是衣原体具有感染性的形式，其中含有质粒DNA，此说法正确。青霉素对其无抑制作用（E选项）：青霉素主要作用于细菌细胞壁，而衣原体缺乏细胞壁，但一些抗生素如四环素、红霉素等对衣原体有抑制作用。