墨汁染色法常用于检查新型隐球菌。新型隐球菌具有宽厚的荚膜，墨汁染色后，背景被染成黑色，而新型隐球菌的菌体和荚膜不着色，在黑色背景下呈现出透亮的菌体和荚膜，非常容易辨认。棉蓝染色法主要用于观察真菌的形态和结构；革兰染色法主要用于细菌的分类和鉴定；镀银染色法常用于某些特殊细菌如钩端螺旋体等的染色；吉姆萨染色法常用于血液和骨髓涂片等的染色，观察疟原虫、利什曼原虫等。