患者确诊为艾滋病，剧烈头痛两个月，现出现发热、恶心、说话含糊不清、颈项强直等脑膜炎症状，脑脊液中有荚膜的真菌。新生隐球菌主要侵犯中枢神经系统，尤其是免疫功能低下的艾滋病患者，易引发隐球菌性脑膜炎，符合该患者的临床表现。A选项，荚膜组织胞浆菌感染主要表现与题干不符，故A错误；B选项，白假丝酵母菌一般较少引起脑膜炎，且无荚膜特征，故B错误；D选项，卡氏肺孢菌主要引起肺部感染，故D错误；E选项，黄曲霉主要引起肺部、鼻窦等部位感染，很少引起脑膜炎，故E错误。所以答案是C。