手足口病主要由肠道病毒引起，常见的是肠道病毒71型和柯萨奇病毒A16型，也可由其他柯萨奇病毒或埃可病毒引起。疱疹病毒主要引起疱疹性疾病，如单纯疱疹、水痘-带状疱疹等；腺病毒可引起多种疾病，如呼吸道感染、结膜炎等；EB病毒主要与传染性单核细胞增多症、鼻咽癌等相关；巨细胞病毒感染也可引起多种疾病，但不是手足口病的常见病原体。所以采集标本送检最可能得到的病毒是柯萨奇病毒或埃可病毒。