选项A，血清中含有抗核抗体主要与自身免疫性疾病相关，与艾滋病患者血清学检测HIV抗体阴性无关。选项B，血清中含有自身抗体与HIV抗体检测阴性无直接关系。选项C，血清中含有抗HLA主要与移植免疫等相关，与艾滋病患者HIV抗体阴性无关。选项D，血清经56℃处理30min一般不会导致HIV抗体检测呈阴性。选项E，在艾滋病疾病晚期或极度衰竭状态，患者免疫系统严重受损，可能无法产生足够的HIV抗体，导致血清学检测HIV抗体呈阴性，故该选项正确。