患者身体多处出现乳头瘤状改变，包括腋下和外阴部，有不洁性行为史，最可能感染的是人乳头瘤病毒（HPV），HPV感染可引起皮肤和黏膜的乳头瘤样病变。梅毒螺旋体感染主要引起梅毒，有硬下疳、梅毒疹等表现；HIV感染主要引起艾滋病，出现免疫系统受损的一系列症状；淋病奈瑟菌感染主要引起淋病，有泌尿生殖系统的脓性分泌物等症状；沙眼衣原体感染可引起沙眼、泌尿生殖道感染等，但一般不会出现乳头瘤状改变。所以答案是E。