选项A：伤寒患者在病情进展过程中，嗜酸性粒细胞计数会发生变化，在疾病初期嗜酸性粒细胞减少或消失，病情好转时嗜酸性粒细胞又重新出现或增多，所以嗜酸性粒细胞计数对伤寒的诊断和预后有参考意义，该选项正确。选项B：伤寒是由伤寒沙门菌引起的消化道传染病，主要通过粪-口途径传播，该选项正确。选项C：肥达反应阳性不一定说明机体已产生了对伤寒的免疫力。肥达反应阳性可能是由于伤寒感染，但也可能是由于预防接种、非特异性回忆反应等原因导致，不能单纯依据肥达反应阳性就判定机体有免疫力，该选项错误。选项D：喹诺酮类药物对伤寒沙门菌有较强的抗菌活性，对伤寒治疗有效，该选项正确。选项E：伤寒的病程第2-4周，肠道病变处于坏死、溃疡期，此时可发生肠出血、肠穿孔等并发症，该选项正确。综上，答案为C。