选项A：急性肾盂肾炎主要表现为高热、寒战、尿频、尿急、尿痛等症状，尿沉渣抗酸染色一般为阴性，故A错误。选项B：肾结石主要症状是疼痛和血尿，一般无低热表现，尿沉渣抗酸染色也为阴性，故B错误。选项C：肾静脉栓塞主要表现为突发的腰痛、血尿等，与低热及尿沉渣抗酸染色阳性无关，故C错误。选项D：急性肾小球肾炎主要表现为血尿、蛋白尿、水肿和高血压，一般无低热及尿沉渣抗酸染色阳性，故D错误。选项E：肾结核常有低热、盗汗等全身症状，以及尿频、尿急、尿痛等泌尿系统症状，尿中可出现红细胞、白细胞和蛋白质，尿沉渣抗酸染色阳性提示可能有结核分枝杆菌感染，符合患者的临床表现和检查结果，故E正确。