缺损病毒是指基因组缺损的病毒，这类病毒由于缺乏某些基因，不能在宿主细胞内完成正常的复制周期，需要辅助病毒的存在才能进行复制。包膜表面刺突缺损、壳粒变异、衣壳缺损等并不直接等同于缺损病毒的定义；复制周期不完整是基因组缺损导致的结果，而不是缺损病毒的本质定义。所以缺损病毒指的是基因组缺损，答案选D。