选项A，HBeAg是乙肝e抗原，HBsAg（-）时，HBeAg一般也不会出现阳性来证明HBV感染。选项B，抗-HBc（乙肝核心抗体）是乙肝病毒核心抗原刺激机体产生的抗体，只要感染过乙肝病毒，不论病毒是否被清除，此抗体通常为阳性，即使HBsAg（-）、抗-HBs（-），抗-HBc阳性也能证明曾经有HBV感染，故该选项正确。选项C，抗-HBe是乙肝e抗体，它的出现是乙肝病毒感染后病毒复制减少、传染性降低的标志，单独出现不能确凿证明HBV感染。选项D，HDAg是丁肝病毒抗原，它的出现依赖于乙肝病毒感染，题干中主要关注HBV感染的证据，故不符合要求。选项E，抗-HD是丁肝抗体，同样不能直接证明HBV感染。