自然流产的原因有很多，包括胚胎因素、母体因素、父亲因素和环境因素等。其中胚胎或胎儿染色体异常是早期自然流产最常见的原因，约占50%-60%。基因异常导致胚胎发育异常，不能正常发育而发生流产。受精卵发育异常也可能与基因异常有关，但基因异常表述更全面。母体生殖器官发育异常、黄体功能不足、甲状腺功能低下等虽然也是自然流产的原因，但不是最常见的。所以答案选B。