慢性肾炎主因先天禀赋不足或劳倦太甚、饮食不节、情志不遂等引起肺、脾、肾虚损，气血阴阳不足所致。又常因外感风、寒、湿、热之邪而发病。
(1)禀赋不足，肾元亏虚：先天禀赋不足、后天失养、房劳过度、生育不节等均可导致肾气内伐，肾精亏耗。肾虚则封藏失职，精微下泄或气化失司，水液潴留，泛滥而成水肿。
(2)饮食劳倦，内伤脾胃：饮食不节，或思虑劳倦太过，日久伤及脾胃。脾失健运，水湿内停，泛溢肌肤而成水肿；脾虚不能升清，而致精微下泄；脾虚不能摄血，血溢脉外而成尿血；脾胃虚弱，气血化生不足，日久而成虚劳。
(3)情志不遂，气血不畅：情志不遂则肝失疏泄，气机失畅，日久引起血瘀水停。肝郁日久化热，耗气伤阴导致肝肾阴虚或气阴两虚。若阴虚生热，热伤络脉，或瘀血阻络，血不归经均可导致尿血。
(4)风邪外袭，肺失通调：风邪外袭（兼热或夹寒），内舍于肺，肺失宣降，水道不通，以致风遏水阻，风水相搏，泛溢肌肤发为水肿。
(5)水湿浸渍，脾气受困：久居湿地，冒雨涉水，或水中劳作，或嗜食生冷，均可引起水湿内浸，脾气受困，脾失健运，水湿泛滥而发为水肿。
(6)湿热内盛，三焦壅滞：水湿内停，日久化热，湿热壅遏三焦，三焦气化不利，膀胱气化失司，水道不通，水液潴留而成水肿；或因热甚迫血妄行而成尿血。
综上所述，本病病位在肾，其病理基础在于脏腑的虚损。常见有肺肾气虚、脾肾气虚、脾肾阳虚、肝肾阴虚和气阴两虚，但常因外感风、寒、湿、热之邪而发病。由此内外互因，以致气血运行失常，三焦水道受阻，继而形成瘀血、湿热、水湿、湿浊等内生之邪，其内生之邪（尤其是湿热和瘀血）又成为重要的致病因素，损及脏腑，如此虚虚实实形成恶性循环，使病情缠绵难愈。