选项 A：咽腔鼻部侧壁的黏膜内主要有咽鼓管咽口等结构，咽鼓管咽口周围的淋巴组织形成咽鼓管扁桃体，而咽扁桃体并不位于咽腔鼻部侧壁的黏膜内，所以该选项错误。
选项 B：咽扁桃体位于咽腔鼻部后上壁的黏膜内，此处有丰富的淋巴组织集聚形成咽扁桃体。在儿童时期，咽扁桃体较为发达，6 - 7 岁时开始逐渐萎缩，10 岁后基本消失，该选项正确。
选项 C：咽腔鼻部紧邻上鼻甲的后方处是蝶筛隐窝，蝶窦开口于此，并非咽扁桃体的位置，所以该选项错误。
选项 D：扁桃体窝是容纳腭扁桃体的部位，腭扁桃体位于口咽部，在舌腭弓和咽腭弓之间的扁桃体窝内，与咽扁桃体位置不同，所以该选项错误。
选项 E：扁桃体上窝是腭扁桃体上端与舌腭弓之间的半月形凹陷，并不是咽扁桃体的所在位置，所以该选项错误。
综上，咽扁桃体位于咽腔鼻部后上壁的黏膜内，答案选 B。