胃十二指肠因素协调功能失常，导致胃排空迟缓，使反流物质和量增加。小儿胃食管反流的病因是由于：①胃排空异常：胃内压增高超过LES压力，可诱发LES开放;胃排空减少导致胃扩张，缩短贲门食管段而易于反流。②胃内高分泌状态，胃酸分泌增加可诱发和加重GER。③十二指肠病变造成幽门括约肌功能不全导致十二指肠胃反流，其结果是增加胃内容物及上二指肠液及胆汁、胰液的反流。