1．资料整理 查看所有个案调查表内容是否完整、准确；诊断是否正确；其他资料是否齐全。
2．描述分布 对疫情全貌及三间分布情况进行描述。如对本次疫情波及的地区、时间范围进行描述，计算总罹患率；按不同的人口学特征、发病时间、发病地区及是否具有某种生活习惯或经历等分组，分别收集具有某一特征的总人数及本次疫情发病人数，计算各组的罹患率、感染率；对各组率进行比较等。
3．确定流行类型
(1)一次同源暴露：暴发为一次暴露时，受感染的人是同次暴露于某个共同传染源，病例常集中在一个最短与最长潜伏期之间。其发病日期曲线呈单峰型，受感染的日期通常是在发病高峰往前推一个平均潜伏期的日期前后。
(2)多次暴露：暴发为持续暴露时，人们多次暴露于传染源或暴露因素，发病日期持续较久，发病时间曲线表现为有两个以上高峰或持续性高峰。
(3)通过日常生活接触传播，一般不形成大规模暴发，多表现为当地多发，呈家庭内续发。大多数经消化道传播的传染病暴发疫情中，这一形式的传播会同时存在。
4．暴露日期推算 根据最短、最长潜伏期可推算出暴露日期，一次同源暴露的第一个病例往前推一个最短潜伏期或最后一个病例往前推一个最长潜伏期就是大概的暴露日期。
因为暴发曲线一般呈对数常态分布，故通过几何均数或中位数可计算平均潜伏期，进一步推算出暴露日期。
5．流行因素分析
(1)对计算出的各组率之间的差别是否有显著性进行检验，以确定这种差别是否由于抽样误差所致。最常用的方法就是检验，根据P值的大小确定各组率间的差别由抽样误差造成的可能性有多大。
(2)对比不同特征人群中的病例发生情况，形成暴发原因的假设。如饮用某一水源、食用某种食物、居住在某一环境人群罹患率高于其他人群，即可提出发病可能与这一水源、食物、环境有关的线索或假设。
(3)病例对照研究资料分析的中心内容是比较病例组与对照组中暴露者的比例，并由此估计暴露与疾病间的关联强度，以及估计差别与联系由随机误差造成的可能性有多大。常用OR值估计疾病与暴露因素的关联强度。
(4)队列研究资料可分析暴露与疾病关联强度及由于暴露增加或减少的发病率(死亡率)数值。常用指标RR。
(5)通过检测可疑环境标本(食物、水、器具涂抹等)、患者生物标本等的病原学指标，通过病原学上的一致性，来进一步证实食物、水在暴发流行中所起的作用及患者间的传播关系。
(八)调查报告提纲撰写及主要内容 暴发调查结果应及时总结，写出书面报告，报送有关部门和单位。调查报告是对整个暴发疫情发生及调查处理经过等的全面总结，内容主要包括以下几个方面：
1．题目 应简明扼要，一般应包括疫情性质及发生地点等内容。
2．暴发疫情的发现和报告经过 包括暴发疫情的发现和报告的单位或个人(医院、疾控中心、其他医疗机构、公众等)、发现的渠道(网络、电话、疫情报告卡片等)、报告的主要内容(发病地点、病种、数量等)、接报时间、接报单位等内容。
3．发病经过及三间分布 包括首例患者情况，疫情的发生发展情况，患者时间、地区、人群分布情况等。
4．临床表现及实验室检测结果 包括患者中各种主要临床症状、体征的发生情况、一般实验室指标检测结果、特异性或病原学指标检测结果等。
5．流行因素分析 包括传染来源、传播途径及患者之间的传播关系等的调查结果、采用的调查方法及主要调查过程。
6．采取措施及效果评估 已经采取的防控措施，对疫情是否起到了控制作用。
7．经验教训提出建议 总结从本次疫情得到的经验教训，为今后防止类似疫情的发生提出建议。