肝素的主要不良反应是易引起自发性出血，表现为各种黏膜出血、关节腔积血和伤口出血等，而肝素诱导的血小板减少症是一种药物诱导的血小板减少症，是肝素治疗中的一种严重并发症；偶见过敏反应；长期应用可致脱发、骨质疏松和自发骨折。肝素一般皮下或静脉给药，口服无效，不会引起胃肠道刺激。