A选项：内源性凝血系统缺陷。由于APTT主要反映内源性凝血途径，该患儿APTT明显延长，而其他检查基本正常，符合内源性凝血系统缺陷的特点，故该选项正确。
B选项：外源性凝血系统缺陷。PT主要反映外源性凝血途径，患儿PT正常，不支持外源性凝血系统缺陷的诊断，所以该选项错误。
C选项：共同凝血系统缺陷。共同凝血途径涉及的指标如PT、TT等均正常，故可排除共同凝血系统缺陷，该选项错误。
D选项：血管壁缺陷。题干中无相关证据支持血管壁存在缺陷，且血小板计数和vWF：Ag正常，故该选项错误。
E选项：病理性抗凝物质增加。题干中没有提示存在病理性抗凝物质增加的相关信息，故该选项错误。
综上，最可能的诊断是内源性凝血系统缺陷，答案为A选项。