选项A：抗原性变异是指细菌抗原结构和组成的改变，卡介苗主要是毒力发生改变，并非抗原性变异，故A错误。选项B：菌落变异是指细菌菌落形态、大小、颜色等方面的改变，卡介苗的形成主要不是菌落变异，故B错误。选项C：形态变异是指细菌形态的改变，卡介苗的关键变化是毒力，而非形态，故C错误。选项D：耐药性变异是指细菌对药物敏感性的改变，卡介苗是通过毒力变异获得的减毒活疫苗，不是耐药性变异，故D错误。选项E：卡介苗是将有毒力的牛型结核分枝杆菌在含有胆汁、甘油和马铃薯的培养基中，经过230次传代，历时13年培养而获得的毒力减弱但仍保持免疫原性的变异株，属于毒力变异，故E正确。