选项A：白喉杆菌呈细长稍弯，一端或两端膨大的革兰阳性杆菌，用美蓝或奈瑟染色可见异染颗粒，与题干中“抗酸染色红色”不符。选项B：肺炎克雷伯杆菌为革兰阴性杆菌，形态为球杆状，成双排列或短链状排列，不符合题干中细菌的特征。选项C：炭疽杆菌为革兰阳性大杆菌，呈竹节状排列，也不符合题干中“抗酸染色红色”的特点。选项D：结核分枝杆菌抗酸染色阳性，镜下可见红色细长弯曲、分枝的杆菌，与题干中患者症状及镜下所见相符，该选项正确。选项E：流感嗜血杆菌为革兰阴性短小杆菌，不符合题干描述。所以答案选D。