人类感染钩端螺旋体主要是通过接触被钩端螺旋体污染的疫水，钩端螺旋体可通过皮肤或黏膜侵入人体，引起感染，所以答案选C。吸入孢子不是钩端螺旋体的感染途径，A选项错误；钩端螺旋体不是以芽孢感染人体，B选项错误；犬咬伤主要传播狂犬病毒等，不是钩端螺旋体的主要感染途径，D选项错误；性接触一般不是钩端螺旋体的感染途径，E选项错误。