沙眼衣原体的自然宿主主要是人。虽然人是其重要宿主，但并非唯一自然宿主，它还可以在一些特定情况下感染其他动物，不过主要感染人群。所以“主要是人”的表述更为准确。A选项“人”表述太绝对；C选项禽类和低等哺乳动物不是沙眼衣原体的主要宿主；D选项牛和羊不是沙眼衣原体主要感染对象；E选项昆虫一般不是沙眼衣原体的自然宿主。因此答案是B。