选项A：直接涂片作抗酸染色阳性检出率较低，因为脑脊液中结核分枝杆菌数量可能较少，该方法不是最好的提高阳性检出率的方法。选项B：做厚涂片抗酸染色能一定程度提高阳性率，但不如静置后取表面网膜形成物作抗酸染色效果好。选项C：汽油浓集菌后抗酸染色操作相对复杂，且不是提高结核分枝杆菌在脑脊液中阳性检出率的最佳方法。选项D：离心沉淀后做抗酸染色也能提高阳性率，但结核分枝杆菌在脑脊液中有时会形成菌膜，静置后取表面网膜形成物含菌量相对较高，阳性检出率更高。选项E：结核性脑膜炎患者脑脊液静置12-24h后，会在表面形成网膜形成物，其中含有较多的结核分枝杆菌，取其作抗酸染色可提高阳性检出率，该方法最好，所以答案选E。