细胞培养分离衣原体（A选项）虽然是确诊衣原体感染的金标准，但操作复杂、耗时较长。鸡胚接种分离肺炎衣原体（B选项）也较为繁琐，且不常用。ELISA检查肺炎衣原体特异性抗体（C选项）可以检测血清中的抗体，但可能存在假阳性或假阴性。PCR检查肺炎衣原体特异性核酸（D选项）能快速检测病原体核酸，但不能区分是既往感染还是现感染。联合PCR检查肺炎衣原体特异性核酸和ELISA检查肺炎衣原体特异性抗体（E选项），可以从核酸和抗体两个层面进行检测，提高诊断的准确性和可靠性，是进一步确诊的最佳方案。