选项 A：腮腺管发自腮腺的前缘上份，而不是前缘下份。腮腺分泌的唾液经腮腺管排出，其起始位置在腮腺的前缘上部，所以该选项描述错误。
选项 B：腮腺管在颧弓下 1 横指处越过咬肌表面，并非 2 横指处。这是腮腺管在面部的一个重要解剖位置特点，在临床上进行相关检查或手术时需要注意，所以该选项描述错误。
选项 C：腮腺管开口于与上颌第二磨牙相对的颊黏膜，而不是与上颌第二前磨牙相对的颊黏膜。腮腺管穿过咬肌后，在咬肌前缘处呈直角向内穿过颊肌，开口于特定位置的颊黏膜，该选项描述错误。
选项 D：腮腺管开口于与上颌第二磨牙相对的颊黏膜处，此处有腮腺管乳头，腮腺分泌的唾液通过腮腺管经此乳头排至口腔内，该选项描述正确。
选项 E：腮腺管在咬肌前缘处呈直角向内穿过颊肌，开口于与上颌第二磨牙相对的颊黏膜的腮腺管乳头，并不是直接穿咬肌开口于腮腺管乳头。腮腺管在走行过程中先越过咬肌表面，再穿颊肌开口，所以该选项描述错误。
综上，正确答案是 D。