1.工程竣工验收时，总监理工程师在执行验收程序方面的不妥之处为总监理工程师未组织工程竣工预验收。
正确做法：总监理工程师在收到工程竣工验收申请后，应组织工程预验收。即应组织专业监理工程师对竣工资料及各专业工程的质量情况全面检查，对检查出的问题，应督促承包单位及时整改，对需要进行功能试验的项目应督促承包单位及时进行试验，并对重点项目进行监督检查，必要时请建设单位和设计单位参加，并应认真审查试验报告单，督促承包单位搞好成品保护和现场清理。经对竣工资料和现场实物验收后，总监理工程师签署工程竣工报验单，并向建设单位提交质量评估报告。
2.建设单位收到监理单位提交的工程质量评估报告，即将该工程正式投入使用的做法不正确。
理由：建设单位在收到工程验收报告后，应组织设计、施工、监理等单位进行工程验收。对需要整改的问题由监理单位督促施工承包单位整改，直至验收合格并由各方签署竣工验收报告，并在建设行政主管部门备案后方可使用。