结核分枝杆菌细胞壁含有大量脂质，一般染色方法不易着色，而抗酸染色是其常用的染色方法。结核分枝杆菌抗酸染色呈红色，其他非抗酸菌及背景则呈蓝色。Gram染色主要用于细菌的初步分类，将细菌分为革兰阳性菌和革兰阴性菌；H-E染色是病理组织学中常用的染色方法，用于观察组织细胞的形态结构；Wright染色常用于血液和骨髓细胞的染色；巴氏染色常用于脱落细胞学检查，用于观察阴道、宫颈等部位的细胞。所以检查痰液中结核分枝杆菌最常用的染色方法是抗酸染色，答案选D。