新生儿眼结膜内检出包涵体，最可能感染的病原体是沙眼衣原体。沙眼衣原体可通过产道感染新生儿，引起沙眼衣原体结膜炎，在眼结膜内可检出包涵体。巨细胞病毒感染新生儿也可引起眼部病变等，但一般不以眼结膜内检出包涵体为典型表现；轮状病毒主要引起婴幼儿腹泻，一般不侵犯眼部；弓形虫感染可导致眼部病变，但通常不是以眼结膜内包涵体为主要特征；梅毒螺旋体感染主要引起梅毒，眼部病变多为其他表现形式，一般不会在眼结膜内形成包涵体。所以答案是B。