根据患者的症状（发热、肝区疼痛、肝脏肿大），肝穿刺抽出棕褐色脓液，镜检找到滋养体，可诊断为阿米巴性肝脓肿。胆囊炎主要是胆囊的炎症，与描述不符；肝血管瘤一般无发热、脓液等表现；肝包虫病主要是棘球蚴寄生，不会出现滋养体；细菌性肝脓肿细菌培养应该阳性，与题干细菌培养阴性不符。答案是 E。