结肠镜可以对全结肠和回肠末段进行直接观察，如能发现病变，对本病诊断有重要价值。病变主要在回盲部，内镜下见病变肠黏膜充血、水肿，溃疡形成，大小及形态各异的炎症息肉，肠腔变窄等。活检如能找到干酪样坏死性肉芽肿或结核分枝杆菌具确诊意义。粪便检查溃疡型肠结核粪便外观糊状，无黏液脓血，镜检可见少量脓细胞和红细胞。粪便浓缩找到MTB同时痰菌阳性具有诊断意义。