病理生理机制涉及：①胃肠动力学异常②内脏高敏感性③中枢神经系统对肠道刺激的感知异常和脑一肠轴调节异常④肠道感染：越来越多的临床研究表明，IBS可能是急慢性感染性胃肠道炎症后的结果之一，其发病与感染的严重性及应用抗生素时间均有一定相关性。⑤肠道微生态失衡：IBS-D病人乳酸菌、脱硫弧菌和双歧杆菌数量明显减少，而IBS-C病人韦荣球菌数目增加。但是肠道微生态参与IBS发病的具体机制仍待进一步研究。⑥精神心理障碍：大量调查表明，IBS病人焦虑、抑郁积分显著高于正常人，应激事件发生频率亦高于正常人，对应激反应更敏感和强烈。